L’origen de l’hospital a Banyoles caldria buscar-lo al segle IX, amb l’arribada dels benedictins a la ciutat i la regla de sant Benet. Els hospitals es regien per aquesta regla, la qual parla de com s’ha d’acollir els forasters. No en va el nom d’hospital deriva de llatí hospes i aquest hospitalia que vol dir “lloc per a acollir les visites”, és a dir “hospitalitat”.
Així, d’una banda, dins el mateix monestir s’hi instal·là una infermeria pròpia que, sota la cura de l’infermer, s’encarregava dels malalts, dels ancians i d’aquells que tinguessin necessitat de repòs. De l’altra, l’hostatgeria de la que s’encarregava el propi hospitaler del monestir i que tenia la feina d’hostatjar els viatgers.
A poc a poc, l’hospital pròpiament dit, separat ja del propi edifici del monestir però dins del clos del mateix, agafà la funció d’albergar els “pobres de solemnidad de la presente villa”. S’ha de tenir en compte que els malalts i disminuïts físics, quan mancaven de família i béns, es trobaven entre els més pobres i, per això, és explicable que progressivament el nom d’hospital s’anés associant a la funció d’atendre malalts. Finalment, la separació es produeix físicament quan passa a ser administrat per la Universitat de la Vila.
En un principi, l’hospital consistia en una única habitació, amb una llar i uns quants llits, suficient per als transeünts que demanaven almoina. Però, a poc a poc, aquest espai va anar creixent tant per causa dels ferits produïts per les diferents batusses que s’havia vist implicada la ciutat al llarg dels segles, com per les diferents malalties en forma de “plaga” que l’assolaren. L’espai acabà essent un edifici de dues plantes, amb una horta i una capella dedicada a Sant Roc que ja es troba citada el 1699.
Ja sota control municipal, al llarg del segle XVII, era administrat per dos regidors, un monjo i un beneficiat del monestir que era qui solia dur els comptes. Un segle més tard, ja dins el segle XVIII, passà totalment a mans de l’Ajuntament, el qual inverteix les poques rendes que genera la institució hospitalària en donar de menjar als malalts, cuidar-los i, quan es donava el cas, enterrar-los al cementiri.
Però tot i el bon funcionament assolit a les darreries del segle XVIII i, possiblement, com a causa de la Guerra Gran i la posterior Guerra del Francès, l’hospital comença a patir un greu deteriorament. Amb l’arribada de l’exclaustració de l’any 1835 era tant sols una ombra del que havia estat. Aquell any, els benedictins, a l’igual que altres congregacions religioses, varen haver d’abandonar les seves propietats. Entre elles es comptava l’hospital de Sant Roc que va passar a mans de l’Estat per ser venut en pública subhasta. Pel fet d’haver-se quedat sense -i sota l’administració de l’Ajuntament- es van veure obligats a traslladar-lo a un altre lloc. Tot primer, al carrer de les Escrivanies, segons consta en un document de 1840, en el que els antics infermers havien estat substituïts per vetlladors i més tard per una hospitalera vídua.
Anys més tard, un cop recuperades les propietats religioses per part de la ciutat i amb la impossibilitat de construir-ne un de nou, el 1853 es va decidir continuar amb l’Hospital de Pobres al monestir de Sant Esteve. Allà, un almoiner, sense sou, era l’encarregat d’aconseguir recursos. Més tard, se’n feu càrrec un infermer i els farmacèutics i metges locals es tornaven per guarir els malalts. Finalment, el 1866 es va traslladar a un edifici situat al fons d’un carreró estret i sense voreres que sortia del capdavall del carrer Major, a tocar de l’actual plaça de la Font. L’any 1880, les «Germanes de Sant Josep» van fer-se càrrec d’aquest edifici a petició del propi ajuntament i hi van romandre fins a la Guerra Civil. Fou quan les monges, degut a la seva condició religiosa, varen haver d’abandonar l’edifici que va tornar a quedar desatès. Un cop acabada la conflagració van tornar a fer-se càrrec de l’hospital. Degut a les males condicions que aquest es trobava, l’any 1940 es van traslladar a Can Santano, un vell edifici, llogat per l’Ajuntament al carrer Girona. Finalment, el 19 de juliol de 1964, es traslladaven a la seva actual ubicació: la clínica Salus Infirmorum.
