Banyoles se formó como resultado de la colonización benedictina de inicios del siglo IX. Exactamente, sin embargo, no se sabe la fecha cierta de su fundación. Sin embargo, un documento del 11 de septiembre de 822 nos informa que el conde gerundense Rampó obtuvo para el abad bañolense Mercoral un precepto del emperador franco Lluís el Pietós. En este pergamino confirmaba la posesión de Banyoles para la comunidad benedictina y ponía el abad, los monjes y los bienes del monasterio bajo su tutela; y concedía la libre elección del abad, de acuerdo con la Regla de Sant Benet d’Aniana (750-821). Se menciona que el abad Bonitus (Bonet o Bonit) había edificado su iglesia encima de un antiguo templo cuando se estableció, seguramente hacia el 812, hace más de 1200 años. Se coge la fecha de 812 como la de la posible fundación, aunque podría ser hecha a finales del siglo VIII. Este hecho la convierte en la fundación benedictina más antigua al sur de la Marca Hispánica.
Así pues, un grupo de monjes o laicos, procedentes del reino franco o de residentes en la zona, encabezados por Bonitus (Bonet o Bonit), colonizaron un erial llamado "Baniolas"; y edificaron unas primitivas construcciones, aisladas y sencillas, formadas, probablemente, por la iglesia dedicada a Sant Esteve y un edificio anexo. Al cercado del monasterio se reunieron los primeros habitantes. Se desecaron los humedales, se construyeron las acequias y, así, se pusieron los cimientos de una población pujante.
Hacia el 945 fue incendiado y destruido, y poco después la iglesia fue reconstruida, con bóveda de cañón. Aunque, en 1086, se repuso con un gran templo de tres naves. La jurisdicción del monasterio creció gracias a las nuevas colonizaciones y a las diversas donaciones. Durante el siglo XI su poder territorial llegó al punto álgido. Tenía posesiones alrededor de Banyoles, en los condados de Girona, Besalú, Empúries, Barcelona y Cerdanya-Roselló. El monasterio unificó su territorio con la posesión de todas las tierras que van desde el río Ser en el arroyo de Merlant (Porqueres) y de la Farrès (Fontcoberta) en Banyoles. Lamentablemente, a este periodo de expansión le siguió uno de abandono y destrucción, cuando pasó a manos laicas (de señores laicos). Posteriormente, Bernat II de Besalú, defensor de la reforma de Cluny, lo liberó de la subordinación laica y lo incorporó a las abadías reformadoras ultrapirinenses, en concreto a la de Sant Víctor de Marsella.
Los terremotos de 1427 y 1428 derruyeron el edificio y una parte del campanario, y las tropas francesas, en 1655, lo acabaron de destruir, así como el claustro y la abadía. La iglesia actual (salvo la portada gótica del 1530) es una obra barroca (1704-1740), mientras que el claustro fue edificado entre los años 1778 y 1783. Mil años después de su formación, durante el siglo XIX, el monasterio de Sant Esteve dejó de existir. El 27 de julio de 1835 el último abad recibió la orden de exclaustración y de abandonarlo. Los señores feudales, marchaban de Banyoles para no volver nunca más.
