El 18 de julio de 1936 se produjo en España una rebelión militar contra la República. El fracaso de la revuelta en Cataluña y en otros territorios de España dio paso a una guerra y a una revolución.
La derrota de la revuelta militar produjo un vacío de poder, que los elementos revolucionarios aprovecharon para armarse y ocupar las calles. En toda Cataluña se formaron comités de guerra. En Banyoles, el comité estuvo integrado por gente de la CNT, PSUC, POUM y el Sindicat Agrícola. Este comité, con el apoyo de milicianos armados, levantó barricadas en las entradas de la ciudad, dio pases para circular, colectivizó las industrias e impuso su ley. Los ayuntamientos quedaron desbordados. Los elementos de derechas, y especialmente los sacerdotes, fueron perseguidos. En el Pla de l'Estany fueron asesinados once sacerdotes: los rectores de Falgons, Galliners, Orfes, la Mota, Porqueres, Sant Esteve de Guialbes, Serinyà y Vilademuls, y tres más que vivían en Banyoles. Las monjas fueron expulsadas de los conventos, las iglesias fueron saqueadas, las imágenes y objetos de culto fueron destruidos y se despeñaron las campanas. También fueron asesinadas trece personas de derechas, seis de Banyoles y siete del resto de la comarca.
Poco a poco, la Generalitat fue recuperando el control de la situación. En octubre de 1936, los comités se disolvieron para dar paso a unos nuevos ayuntamientos, constituidos por personas designadas por los partidos y sindicatos que apoyaban la República, es decir, ERC, CNT, PSUC-UGT, Unió de Rabassaires, POUM y Acció Catalana. Los alcaldes de Banyoles, durante los años de guerra, fueron Benet Dilmé (CNT), Josep Ametller (ERC), Josep Verdaguer (CNT), Llorenç Busquets (PSUC) y Jacint Masgrau (Acció Catalana). Superando dificultades de todo tipo, estos ayuntamientos intentaron restablecer el orden y resolver los problemas que tenía la población, porque, en la retaguardia, la situación era cada vez más complicada. Las industrias sufrían falta de materias primas y de combustible y la producción cayó o incluso se paralizó. En el campo faltaban manos y, por tanto, se produjeron problemas de avituallamiento.
La situación se complicó con la llegada de olas de refugiados, niños y familias, que huían de la guerra. Llegaron de Aragón, de Madrid, del Norte y de Andalucía. Organizaciones como la Unión de Mujeres o el Socorro Rojo se dedicaron de lleno a darles acogida. En 1938 se instaló en el monasterio un hospital de guerra, que acogió numerosos heridos.
En los primeros días de la guerra, muchos catalanes se alistaron como voluntarios en las diversas columnas que se organizaron. Más tarde, las milicias se militarizaron y las necesidades de la guerra hicieron que se fueran llamando levas, ampliando las edades de los llamados por arriba y por abajo. Al conjunto del Pla de l'Estany fueron llamadas unas 2.000 personas, aunque no todos los que fueron llamados al frente fueron. En el bando republicano murieron 80 soldados de Banyoles y 128 más de los otros pueblos del Pla de l'Estany. Hubo también 126 vecinos del Pla de l'Estany que lucharon en el bando franquista, de los que murieron 19 soldados, ocho de Banyoles y once de la comarca.
La derrota republicana en la batalla del Ebro marcó el inicio del fin. El 23 de diciembre de 1938, el ejército franquista desencadenó la ofensiva final contra Cataluña. Barcelona cayó el 26 de enero. El 7 de febrero las tropas franquistas ocuparon Banyoles y el día 9 llegaron a la frontera. Se cerraba así una ilusión colectiva que había comenzado un lejano 14 de abril de 1931.
