El franquismo fue un régimen dictatorial y totalitario, que se instauró en España tras la derrota republicana, en 1939. El nuevo régimen abolió la Constitución y el Estatuto, prohibió los partidos políticos y los sindicatos, reprimió las libertades básicas y persiguió con especial intensidad la lengua catalana, que fue desterrada de la vida pública, la prensa, la publicidad, la administración, la escuela, etc.
La represión que se desencadenó sobre los vencidos fue de una magnitud considerable. Cientos de bañolenses se exiliaron y muchos más fueron internados en campos de concentración o integrados en batallones de soldados trabajadores. Otros fueron sometidos a consejos de guerra sin garantías jurídicas y fueron condenados a muerte o a penas de prisión. 9 Banyolins y 15 comarcanos fueron fusilados. Más de 300, entre bañolenses y comarcanos, fueron encarcelados. Toda esta violencia, a menudo arbitraria, dejó un país abatido y mortecino y posibilitó la pervivencia de la dictadura a lo largo de los años.
Desde el punto de vista demográfico, la población bañolense experimentó un crecimiento moderado hasta que a partir de la década de 1950 el crecimiento comenzó a incrementarse, gracias a la inmigración, inicialmente de gente de la comarca (en la década de 1950 es cuando cayó en picado la población en las zonas rurales) y también de gente de fuera de Cataluña, sobre todo de Andalucía y Extremadura. Este crecimiento de la población tuvo repercusión en el urbanismo, con la construcción de los grupos de viviendas de Sant Martirià y Nostra Señora del Turers (Casas Baratas) y del Grup Gimferrer (la Corea) y, más tarde, los de Mas Palau , Canaleta y el Pla de l'Ametller.
Las actividades económicas tuvieron que hacer frente a las dificultades de una posguerra muy dura. Las industrias más importantes en las primeras décadas del franquismo eran José Gimferrer S. A. (les Saques), Moltfort s (calcetines), Castañer y Serra (alpargatas), Juan Ametller (blanquería), Industrias Coromina (electricidad y harina) y Agustí Hnos. y Masoliver (construcción). En la década de 1960 la economía bañolense experimentó un crecimiento notable y se diversificó, con la emergencia de sectores como la construcción, la madera, el textil, el metal, las pieles y la alimentación.
Desde el punto de vista político, los vencedores controlaron toda la vida social y política de la ciudad. Los alcaldes eran nombrados y destituidos a dedo por las autoridades franquistas y por tanto los gobiernos municipales fueron adictos y sumisos. Las autoridades controlaban también el único partido permitido, la Falange.
A pesar de estas circunstancias desfavorables, la vida cultural bañolense no desapareció. El Cercle de Católics fue la única entidad de las de antes de la guerra que sobrevivió. Venciendo las dificultades, las iniciativas se fueron multiplicando: se fundó el Centre d'Estudis Comarcals de Banyoles (1943), se fundó también el Centre Excursionista de Banyoles (1953), que llevó a cabo una gran labor no sólo de carácter deportivo, sino también de concienciación cívica y catalanista, se reanudó la celebración de los Aplecs de la Sardana (1954), se formó el primer grupo scout (1955), que significó un foco de civismo y catalanidad entre la juventud. En 1946 se comenzó a publicar la revista Horizontes, bajo el cobijo de la Iglesia y teniendo que utilizar el castellano por imperativo legal, que durante muchos años fue la única revista que se publicaba en Banyoles y que, después de la dictadura, se convirtió en la Revista de Banyoles.
La muerte del dictador, en 1975, permitió la recuperación de la democracia y la autonomía. Cataluña empezaba una nueva etapa.
